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天然色素と呼ばれるものは、植物界、動物界に存在するものと、微生物により作られるものとがあリます。
| 植物界 | β−カロチン（黄〜橙）、シソニン（赤紫）、ルチン（黄）、シコニン（紫）、クルクミン（黄）、ウコン（黄）、クロロフィル（緑）など |
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| 動物界 | カルミン酸（青紫）、ケルメス酸（橙〜赤紫）など |
| 微生物 | リボフラビン（黄）など |
これらの天然色素は、合成色素(タール色素）に比べ、鮮やかさに欠け、また色の安定性が弱い欠点を持っています（天然色素は日光に当たると色あせたり、温度などによって色調が変わったりします）。これらの欠点を補うために、合成色素と併用した化粧品（シコニンなど）が研究され、市販されています。
